Conosciuto anche come chiesa di Santa Maria Maggiore, venne costruito verso la fine del XII secolo. Gli architetti che vi lavorarono, appartenevano ad una delle più importanti famiglie di marmorari dell'epoca; quella dei Cosmati. La facciata del Duomo è preceduta da un portico, scandito da colonne.
Sull'architrave poi, in origine doveva esserci una decorazione a mosaico blu con una scritta in oro, di cui restano poche lettere. Al centro del porticato si può ammirare un arco sostenuto da due pilastri.
Su quello di sinistra compare il nome Jacobus Laurentii, che insieme al figlio Cosma, si occuparono della realizzazione del portico. Ai pilastri su menzionati, se ne aggiungono altri due.
Su tutti e quattro figurano i simboli dei quattro Evangelisti, mentre sull'arco centrale si può vedere l'immagine dell'Agnello, simbolo di Cristo, e nei pennacchi laterali invece vi sono due aquile. Epigrafi romane e medievali, insieme a reperti di varie epoche, sono raccolti sotto il portico. All'interno del Duomo vi si accede tramite un portale centrale, ornato da quattro colonne corinzie; due delle quali posano su leoni stilofori, uno per ogni lato, rappresentanti il male e che stringono fra le zampe due figure maschili che simboleggiano il fedele al quale è impedito di accedere alla salvezza. Al portone centrale se ne aggiungono due laterali. All'interno solo la pavimentazione e la cripta sono del XII-XIII, il resto risale al restauro settecentesco, voluto dal vescovo Mons. Tendarini, che stravolse l'aspetto originario dell'intero edificio. Oggi il Duomo si presenta con una pianta ad aula unica, e ben otto cappelle si snodano lungo tutto il suo perimetro. Quelle poste sul lato sinistro sono, partendo dall'ingresso e spostandosi verso il transetto:

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    1) La cappella di S. Anna,  2) Ex cappella del Rifugio, 3) cappella dell'Immacolata, 4) cappella del SS. Salvatore, contenente la tavola della Madonna del Rosario, attribuita ad un artista di scuola romana e datata XV-XVI secolo.

Sul lato destro invece, partendo dall'altare e spostandosi verso l'uscita abbiamo:

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    1) la cappella della Madonna della Luce, con all'interno un affresco del XIV secolo.

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    2) cappella di San Giuseppe, con all'interno il dipinto che ha come soggetto la Fuga in Egitto datato al 1600.

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    3) La cappella del Sacro Cuore.

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    4) cappella del Salvatore.

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    Dietro all'altare maggiore campeggia una tela con l'immagine dell'Annunziata, opera di Pietro Nelli, del XVIII secolo. Lateralmente invece ci sono, a destra il Martirio dei Santi Giovanni e Marciano, a sinistra la Resurrezione di Giovanni. Ai lati del presbiterio ci sono due porte che conducono, quella di destra alla sacrestia, l'altra invece, all'Oratorio del Sacro Cuore, costruito nel XIV secolo come cappella dedicata a S. Giovanni Battista. Al suo interno compaiono murati, due plutei ed un sarcofago medioevale che illustra una scena di caccia. Si possono ancora ammirare alcuni affreschi del XIV secolo sulla parete sinistra. Altri ce ne sono anche nel catino absidale. Nella cripta posta sotto l'altare e coperta da volte a crociera sorrette da colonne con capitelli di varie epoche, oltre ai due cibori realizzati da Pietro da Siena per l'allora governatore Rodrigo Borgia, c'è anche un piccolo altare sormontato da un medaglione del Settecento con l'effigie dei SS. Gratiliano e Felicissima. Quest'ambiente venne utilizzato come sepolcreto dei vescovi della diocesi. Molto bello è anche l'organo, anch'esso del '700, recentemente restaurato. Sembra che nel 1770 Mozart andando via da Roma si sia fermato a Civita e in quell'occasione suonò l'organo sopra citato.